单细胞RNA-seq数据集的大小和复杂性正在增长，从而可以研究各种生物/临床环境中的细胞组成变化。可扩展的降低性降低技术需要消除它们的生物学变异，同时考虑技术和生物混杂因素。在这项工作中，我们扩展了一种流行的概率非线性维度降低的方法，即高斯过程潜在变量模型，以扩展到大量的单细胞数据集，同时明确考虑技术和生物混杂因素。关键思想是使用增强的内核，该内核可以保留下限的可分式性，从而允许快速随机变化推断。我们证明了其在Kumasaka等人中重建先天免疫的潜在潜在签名的能力。 （2021）训练时间较低9倍。我们进一步分析了一个共同数据集并在130个人群中证明了该框架，该框架可以在捕获可解释的感染签名的同时进行数据集成。具体而言，我们探讨了互联的严重程度，作为优化患者分层并捕获疾病特异性基因表达的潜在维度。
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